农田纠纷应该向 乡级人民政府或县级以上人民政府寻求解决。具体处理部门可能包括土地管理部门、乡镇人民政府、人民调解委员会等。在实际操作中，可以先通过村委会或镇政府进行调解，如果调解无效，再向土地管理部门申请确权，最后可以选择向法院提起诉讼。
如果您发现农田被擅自填土，您可以向当地的土地行政主管部门，即国土资源部门进行举报。您也可以通过拨打违法举报受理电话12336进行匿名举报。请确保在举报时提供相关证据，如照片、证人信息等，以便有关部门进行调查处理。
